Zgodnie z watykańskimi procedurami dokonano pod kierunkiem kard. Kamerlinga Eduardo Martineza Somalo ceremiału stwierdzenia śmierci Jana Pawła II, sporządzono akt zgonu wraz z zaświadczeniem medycznym podpisanym przez papieskiego lekarza Renato Buzzonettiego. Przyczyną zgonu był wstrząs septyczny i nieodwracalna zapaść krążeniowo-oddechowa. O godz. 13. przeniesiono ciało Papieża, ubranego w czerwone szaty pontyfikalne i białą mitrę, do sali Klementyńskiej, gdzie zostało złożone na katafalku, w miejscu, gdzie w czasie audiencji zawsze stał jego fotel. Hołd zmarłemu oddali najbliżsi współpracownicy, członkowie Kurii Rzymskiej, kardynałowie, biskupi, władze państwowe Włoch i korpus dyplomatyczny.
O godz. 7.30 w prywatnych apartamentach gdzie przebywał Ojciec Święty została odprawiona Msza Święta. Tego dnia o godzinie 11.30 jedna ze stacji telewizyjnych zacytowała kardynała Josepha Ratzingera, który powiedział: „Papież wie, że umiera i pożegnał się ze mną". O 11.31 rzecznik prasowy Watykanu Joaquin Navarro-Valls ogłosił, że rano Jan Paweł II zaczął tracić przytomność, zaręczył jednak, że nie można tego nazwać stanem śpiączki, ponieważ Papież otwiera oczy, kiedy się do niego mówi. O 19.20 Watykan poinformował, że stan Papieża wydaje się nieodwracalny. Wkrótce potem na placu św. Piotra rozpoczęła się modlitwa różańcowa z udziałem stale rosnącej liczby wiernych. Po blisko dwóch godzinach modlitw arcybiskup Leonardo Sandri poinformował obecnych: "O godzinie 21.37 nasz ukochany Ojciec Święty Jan Paweł II powrócił do Domu Ojca". Cały świat na moment zamarł. W Polsce odejściu Papieża towarzyszył dźwięk dzwonu Zygmunta na Wawelu. 16 października 1978 r. ogłosił wybór Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową, a 2 kwietnia 2005 r. żegnał Papieża Polaka. Nasz rząd na specjalnym posiedzeniu zadecydował o wprowadzeniu żałoby narodowej aż do dnia pogrzebu. Wszystkie najważniejsze stacje telewizyjne świata przerwały programy, by transmitować modlitwy bezpośrednio z Placu Św. Piotra. Modlono się we wszystkich chrześcijańskich kościołach, synagogach i meczetach.
Rzecznik prasowy Watykanu, Joaquin Navarro-Valls, wydał oświadczenie w sprawie stanu zdrowia Papieża: ,,Jan Paweł II jest w dalszym ciągu świadomy. Rano o godz. 6. uczestniczył we Mszy Św.. Ok. 07.15, między innymi w mojej obecności, pamiętając, że jest piątek, dzień, w którym zazwyczaj Ojciec Święty odprawiał Drogę Krzyżową, poprosił, by odczytano mu 14 stacji tego nabożeństwa. Z uwagą śledził lekturę, czyniąc znak krzyża przy każdej stacji. Wkrótce po zakończeniu nabożeństwa wyraził życzenie odmówienia brewiarza, a konkretnie modlitwy przedpołudniowej. Także do południa przyjął w swoim pokoju niektórych współpracowników. Byli wśród nich kardynałowie: sekretarz stanu Sodano, Ruini, Szoka, dziekan kolegium Joseph Ratzinger oraz arcybiskupi z sekretariatu stanu- Sandri, Lajolo i Sardi. Sytuacja zdrowotna pozostaje ciężka, bez wyraźnych zmian. Wskaźniki biologiczne są złe, a ciśnienie niestabilne. Tym niemniej Papież pozostaje w pełni świadomy i muszę przyznać, bardzo pogodny. Chwilę temu poprosił, by odczytano mu fragmenty Pisma Świętego, których z uwagą słuchał." O godz. 19. poinformowano: ,,Oddech Papieża jest coraz bardziej płytki, odnotowano pogłębiający się spadek ciśnienia krwi, a nerki funkcjonują gorzej "O godz. 21 papieski wikariusz generalny abp Angelo Comastri powiedział do zgromadzonych na Pl. św. Piotra 60.tysiącom wiernych: ,,Tego wieczoru lub tej nocy Chrystus szeroko otworzy drzwi dla Papieża." Zaczęto odmawiać różaniec, na całym świecie w kościołach modliły się tysiące wiernych.
Biuro Prasowe Watykanu poinformowało, że wieczorem dnia poprzedniego stan Ojca Świętego gwałtownie się pogorszył z powodu infekcji układu moczowego. Papież dostał bardzo wysokiej gorączki i nastąpił niekontrolowany spadek ciśnienia tętniczego, podano antybiotyk. Papież zadecydował, że nie uda się na leczenie.
Odwołanie ogólnej środowej audiencji. Po godzinie 11. Jan Paweł II przez ok. 5 min. był widoczny w oknie swojej prywatnej biblioteki i po raz ostatni pobłogosławił wiernych. Widać było oznaki wielkiego cierpienia, odczytano papieskie pozdrowienie po włosku i niemiecku –" Przyjaźń z Jezusem, naszym Odkupicielem, niech zawsze oświeca wasze życie". Pozdrowienia do ok. 300 Polaków z kraju i z zagranicy odczytał prał. Paweł Ptasznik:" Dziękuję Wam za obecność, za wszelkie przejawy życzliwości i za towarzyszenie mi w modlitwie".